Az egyház szervezete négy igazgatási-önkormányzati szintre tagolódik: egyházközség, egyházmegye, egyházkerület, országos egyház. A legfontosabb, legalapvetőbb szervezeti egység az egyházközség. A gyülekezetek három egyházkerületet alkotnak. Ebből kettőnek a székhelye Budapesten található. A kerület élén a püspök, az egyházkerületi felügyelő és a kerületi közgyűlés áll.

Székhelye: Pest
Püspöke: Kondor Péter
Egyházkerületi felügyelője: Radosné Lengyel Anna (az országos felügyelő helyettese)
Egyházmegyéi: Bács-Kiskun Egyházmegye, Kelet-Békési Egyházmegye, Nyugat-Békési Egyházmegye, Pesti Egyházmegye, Tolna-Baranyai Egyházmegye
Egyházközségek száma: 65

Székhelye: Buda
Püspöke: Dr. Fabiny Tamás
Egyházkerületi felügyelője: Fábri György
Egyházmegyéi: Borsod-Hevesi Egyházmegye, Budai Egyházmegye, Dél-Pesti Egyházmegye, Észak-Pesti Egyházmegye, Hajdú-Szabolcsi Egyházmegye, Nógrádi Egyházmegye
Egyházközségek száma: 81

Székhelye: Győr
Püspöke: Szemerei János
Egyházkerületi felügyelője: Mészáros Tamás
Egyházmegyéi: Fejér-Komáromi Egyházmegye, Győr-Mosoni Egyházmegye, Somogy-Zalai Egyházmegye, Soproni Egyházmegye, Vasi Egyházmegye,
Egyházközségek száma: 110